• 1940-1941 – Ilie Minea, reputat profesor de istoria Evului Mediu la Facultatea de Litere şi Filosofie a Universităţii din Iaşi, face demersuri susţinute pentru transformarea Seminarului de Istoria Românilor din cadrul Facultăţii într-un Institut de Istorie Naţională.

• 18 februarie 1941 – Ministerul Educaţiei Naţionale, Cultelor şi Artelor (titular – General Radu Rosetti, membru al Academiei Române), prin adresa nr. 36 752/1941, aprobă transformarea Seminarului în Institutul de Istorie Naţională „A. D. Xenopol”, funcţionând în cadrul Facultăţii de Litere şi Filosofie a Universităţii din Iaşi.

Directori:

- Ilie Minea (1941-1943)

- Alexandru Boldur (1943-1947)

- I. R. Mircea (1947-1949)

• 25 mai 1943 – Prin decret-lege semnat de Mareşalul I. Antonescu, Conducătorul Statului Român şi Preşedintele Consiliului de Miniştri, Institutul de Istorie Naţională „A. D. Xenopol” iese de sub tutela Facultăţii de Litere şi Filosofie, funcţionând, ca unitate distinctă de cercetare, în cadrul Universităţii din Iaşi.

• 1949 – În cadrul Filialei Iaşi a Academiei Române ia fiinţă Institutul de Istorie şi Filologie, cu două secţii de specialitate, care se vor transforma după 15 ani în institute distincte.

Director:

- Valerian Popovici (1949-1964)

• 1964 – În cadrul Filialei Iaşi a Academiei Române, secţia de istorie a Institutului de Istorie şi Filologie se transformă în Institutul de Istorie şi Arheologie.

Director:

- Valerian Popovici (1964-1965)

• 1965 – Institutul de Istorie şi Arheologie devine Institutul de Istorie şi Arheologie „A. D. Xenopol”, funcţionând în cadrul Filialei Iaşi a Academiei Române.

Directori:

- Valerian Popovici (1965-1967)

- Academician Mircea Petrescu-Dîmboviţa (1967-1989)

- Ion Agrigoroaiei (1989)

Secretari ştiinţifici:

- Leonid Boicu (1965-1970)

- Ecaterina Negruţi-Munteanu (1970-1975)

- Gh. Buzatu (1975-1990)

• 1990 – Prin despărţirea secţiei de arheologie şi istorie veche, Institutul de Istorie şi Arheologie „A. D. Xenopol” devine Institutul de Istorie „A. D. Xenopol”, funcţionând în cadrul Filialei Iaşi a Academiei Române.

Director:

- Academician Alexandru Zub (1990 până în prezent)

• 1992 – Prin despărţirea unui grup de cercetători din cadrul Institutului de Arheologie şi Institutului de Istorie „A. D. Xenopol” a fost fondat, de asemenea sub egida Filialei Iaşi a Academiei Române, Centrul de Istorie şi Civilizaţie Europeană.

Directori:

- Gh. Buzatu (1992-2002)

- Stela Cheptea (din 2002 până în prezent)

Secretari ştiinţifici:

- Valeriu Florin Dobrinescu (1992-1995)

- Stela Cheptea (1995-2002)

- Ştefan S. Gorovei (2003 →)